水稻施肥量受气候、土壤质地、土壤供肥能力、水稻品种、种植类型、产量水平、施肥方法等诸多因素制约，难以提出一个准确的施肥数量，这里仅提出中等以上肥力的水稻田，亩产500千克稻谷的一般肥料施用量，供参考。
（1）基肥：基肥应以有机肥为主，并配合施用化学肥料。有机肥一般亩施150～200千克。如果化肥作基肥，一般施氮量应占亩总用量的50%～60%，亩施尿素18～24千克。磷肥可一次性作基肥施入，亩施过磷酸钙45～50千克。钾肥也可一次性作基肥施入，亩施硫酸钾25～30千克。或亩施金大地三元素复合肥35～40千克。
（2）分蘖肥：插秧田在返青后可追施分蘖肥。氮肥施用量一般占总施肥量的20%～30%，亩施尿素7～9千克。保肥性能差，施钾不足的稻田，可亩追施硫酸钾10～12千克。为提高肥效，较少流失，追肥前要堵好出水口，使田间水不流动，施肥后4～5天不排水，并结合中耕除草，使肥料混入土层中。
（3）穗肥：幼穗形成期施用穗肥效果最为显著，即于抽穗前20～25天施入。氮肥施用量一般占总施肥量的10%～20%，亩施尿素4～7千克。此期若稻田肥沃，水稻长势健壮，可以不追穗肥。
（4）粒肥：为减缓水稻生育后期叶面积过快下降，保持叶片光合能力，增加抽穗后的干物质，提高结实率和千粒重，在齐穗期至抽穗后10天内应追施粒肥，氮肥追施量占总施肥量的15%～20%为宜，一般亩追施尿素6～8千克。粒肥还可结合根外追肥施用，尿素的喷洒浓度为2%，过磷酸钙浓度为1%～2%，磷酸二氢钾的浓度为1%左右。
提高水稻中氮素化肥的利用率
在施肥方法基本相同和氮素化肥种类相同的情况下，水稻田施用氮素化肥，其吸收利用率一般要远低于其他大田作物，这主要是水稻的淹水环境所造成的。
水稻使用氮素化肥后，氮在水田中主要以铵离子（NH+）形态为水稻根所吸收的。施在水稻田的氮素化肥，如硫酸铵、硫酸氢铵等含铵态氮的化肥，除一部分转入水田的还原层为水稻所吸收外，尚有一部分在水田的氮化层（还原层之上）转化为硝态氮（NO3-），这种硝态氮常渗入还原层为反硝化细菌进行反硝化作用，转化为氨气逸散到空气中，而造成氮素大量损失，这是氮素化肥在水稻生产上利用率教其他大田作物低的原因之一，也可能是水稻僵苗不发的原因，也是水稻施氮肥量大大高于水稻吸收量的原因。
为了减少这种损失，氮素化肥要做到深施，这样利用率能提高50%以上。氮素化肥还应采用全层施用，即在翻耕地后，耙地前将肥料撒于地表，经耙地将肥料混合在1～12厘米耕层中，这样氮肥利用率比表层施肥利用率能提高20%左右，且肥效较长。也可积极应用氮肥增效剂（硝化抑制剂）。如果追肥，应追后耙地，使肥料进入土壤中，避免铵态氮转化为硝态氮。在水田，铵态氮比硝态氮稳定，并有更好地吸收效率，因而水稻田不宜施用硫酸铵化学肥料。
水稻需要的微量元素
水稻生长发育需要的微量元素铁、锰、硼、锌、钼、铜等。铁虽不是叶绿素的组成成分，但它对叶绿素的形成是不可缺少的。缺铁叶片失绿、黄化，严重缺铁时，叶片白化，若供给适量的铁元素则很快恢复原状。
锰影响叶绿素的形成和叶绿体的发育、增殖，缺锰会引起叶绿体解体。锰能促进水稻的呼吸代谢，蛋白质合成，种子萌发和幼苗生长。水稻植株缺锰时矮化，新叶叶脉间间断失绿并出现褐色细小斑点，严重时斑点形成条纹，新生叶变短，叶色浅。
硼是水稻的必须元素，在土壤中呈硼酸形式出现。硼影响叶绿体和光合作用效率，能促进光合产物的运转、种子萌发和幼苗生长。水稻植株缺硼时，株高下降，新叶叶顶变白，卷曲，与缺钙相似，严重缺硼生长点死亡。
锌参与生长素的合成，也以某种方式参与叶绿素的合成，锌促进水稻种子萌发。且锌时，新出现叶片基部失绿发白，中下部叶片中肋两侧出现不规则的棕色斑点，下部老叶发脆，下垂、易折、叶片发窄，根系老化，成熟延迟。
钼主要以钼酸盐出现在土壤中，钼是硝酸还原酶的组成成分，能促进水稻的光合作用，制造更多的有机养分。缺钼时，水稻叶片脉间出现失绿。
铜参与蛋白质和糖代谢，促进水稻种子萌发，增强水稻的光合作用。缺铜时，水稻叶片出现蓝绿色，然后由叶端处失绿，后出现黑褐色斑点坏死。新出叶卷曲，整片叶呈尖状，偶尔出现半片叶。
上述水稻生长发育需要的微量元素，有的因土壤含量较高，有的通过施用有机肥，基本可满足水稻生长发育的需要，一般不用单独施用。但在土壤缺乏某种微量元素，又不足量施用有机肥的情况下，该元素有可能抑制水稻的生长发育，应追施相应的微肥。
